Расчет налога на прибыль в этом случае НЕ должен измениться, т.к. ПБУ - это положение по БУХГАЛТЕРСКОМУ учету, а налог на прибыль рассчитывается​ по данным налогового учета.



Соответственно, операции по ПБУ 18/02 отражаются только в бухгалтерском учете и только в бухгалтерской отчетности.



При повторном закрытии периодов после изменения настройки в бухгалтерском учете не будет проводок по счетам 09, 77, 68.04.2, а по счету 99 перестанут использоваться субсчета, связанные с применением ПБУ 18/02.



В налоговом учете все останется по-прежнему.



НО любое перепроведение документов в закрытых периодах (даже без изменения настроек) потенциально может привести к изменению данных в отчетности. Поэтому советуем сделать копию базы и попробовать сначала провести все операции в копии.



Если появятся какие-то расхождения, то сравнить данные с рабочей базой и найти их причину.