На Technet опубликовали мануал по установке апдейтов в контейнер с Nano Server (приводятся примеры как патчить как новый контейнер, так и уже существующий). Если вы экспериментируете с этой новой возможностью Windows - рекомендуем ознакомиться.
http://amp.gs/Tgw9
http://amp.gs/Tgw9