Всё дело в опасной штуке «Accessibility» — именно с помощью неё приложение может имитировать действия пользователя. Атаки проводятся с помощью разрешения SYSTEM_ALERT_WINDOW, которым обладают все приложения по умолчанию. SYSTEM_ALERT_WINDOW позволяет выводить что угодно поверх других приложений. В том числе, и прозрачные слои, которые пропускают нажатия через себя.